《秦始皇本纪》记载了秦始皇及秦二世一生的主要活动和所发生的重大事件,条理清晰,内容丰富,真实地反映了秦王朝建立前后四十年间风云变幻的历史场面。秦国从襄公被封为诸侯以后,经过二十几代人的苦心经营,在政治、经济、军事上在战国七雄中占据了绝对的优势,天下统一也为大势所趋。秦始皇顺时乘势,奋发努力,终于兼并六国,建立了我国历史上第一个中央集权的封建国家。接着,他又在政治、经济、军事、文化诸方面实施了一系列重大措施,以健全和巩固新政权。然而,短短十几年,这个空前强大的封建王朝就被农民起义的汹涌波涛冲毁了。应该说,秦始皇对中华民族的形成和壮大所作出的重大贡献,由他领导制定的一系列管理国家的法令、制度、方针、政策对后世的深远影响,在中国的历史上是永远不会磨灭的。但可惜的是,由于他的骄横残暴,滥用民力,横征暴敛,严刑酷法,使他的许多本来可能有利于社会经济、文化发展的政策未能起到应有的作用,使广大人民重新陷入水深火热之中,加速了秦王朝的灭亡。
写秦二世,施以重墨,着意叙写了在秦始皇逝世之后,他与赵高合谋篡权的详细经过和他的极端残虐、极端腐朽,生动深刻地揭露出一个昏庸暴君和一个阴谋家的丑恶嘴脸。尤其是对赵高杀二世、子婴杀赵高的精雕细刻,曲折惊险,饱含着作者对二世和赵高的深深憎恶。
历史发展的总趋势总是越来越走向进步。司马迁以其朴素的唯物主义历史观,把考察秦朝“成败兴坏之纪”的思想贯穿于《秦始皇本纪》全篇,不仅给人们展示了秦始皇这个集大誉大毁于一身的封建帝王的一生,而且一直在探寻着秦朝的统一及灭亡的原因,他在篇末的论赞中大段引述西汉政论家贾谊《过秦论》的内容,并称赞说:“善哉乎贾生之推言之也!”这对我们认识秦朝的历史有一定参考意义。